Eine zweimanualige Schwalbennestorgel im deutsch-romantischen Stil mit 24 Registern auf Kegelladen, zugänglich über den Westeingang der Kirche, erbaute vermutlich um 1880 die Firma Rudolf Haupt aus Ostercappeln. Als Besonderheit besaß sie ein in die Kuppel eingelassenes Fernwerk mit Schwellklappen. Den Blasebalg hatte man aus Platzgründen im Turm untergebracht. Unten an der Orgel befindet sich die vergoldete Aufschrift: „TE DEUM LAUDAMUS“ (Dich Gott loben wir).
Die Orgel von Gesmold wurde im Oktober 2016 von der Orgelbaufirma Peters gereinigt und wieder in Stand gesetzt.
Die Disposition wurde 1982 unter Beibehaltung des alten Gehäuses durch eine mechanische Schleifladen-Orgel der Orgelbauwerkstätten Franz Breil aus Dorsten ersetzt. Sie war das erste Instrument, das unter der Leitung von Ludger Breil, dem Sohn von Franz Breil entstand. Die neue Orgel verfügt über 19 Register (1296 Pfeifen), verteilt auf zwei Manuale und Pedal. Die Spieltraktur ist mechanisch und die Register werden elektromagnetisch gesteuert.
Ludger Stühlmeyer: Die Orgeln der Kirchen St. Matthäus (Melle), St. Petri (Melle), St. Petrus (Gesmold) In: Uwe Pape, Orgelatlas, Berlin 1980, ISBN 3-921140-22-6.
Disposition
| Hauptwerk C–g3 | ||
| Prinzipal | 8′ | |
| Rohrflöte | 8′ | |
| Oktave | 4′ | |
| Querflöte | 4′ | |
| Gemshorn | 2′ | |
| Mixtur IV | 1 1⁄3′ | |
| Trompete | 8′ | |
| II Schwellwerk C–g3 | ||
| Gambe | 8′ | |
| Metallgedackt | 8′ | |
| Blockflöte | 4′ | |
| Prinzipal | 2′ | |
| Sesquialtera II | 2 2⁄3′ | |
| Quinte | 1 1⁄3′ | |
| Scharff III | 1⁄2′ | |
| Rohrschalmey | 8′ | |
| Pedalwerk C–f1 | ||
| Subbass | 16′ | |
| Offenbass | 8′ | |
| Choralbass | 4′ | |
| Fagott | 16′ | |
- Nebenregister: Tremulant 1. Manual und 2. Manual
- Koppeln: I/II, I/P, II/P
- 3 freie Kombinationen
- Stimmung: Höhe a1= 440 Hz bei 18 °C